По информации транспортной прокуратуры Карелии, в июле 2009 года по Беломорско-Балтийскому каналу проходила швейцарская яхта «Шамад» с иностранными гражданами на борту. За проход по каналу экипаж судна заплатил с разрешения руководства «Беломорканала» по тарифам, установленным для российских судов.

Между тем, приказом Федеральной службы по тарифам для иностранных судов установлены ставки на услуги по использованию инфраструктуры внутренних водных путей, оказываемые ФГУ «Беломорканал», выше, чем для российских судов.

В результате незаконных действий руководства государственного учреждения федеральный бюджет не получил почти 50 тысяч рублей. По данному факту карельской транспортной прокуратурой в адрес руководителя ФГУ было внесено представление об устранении выявленных нарушений и поставлен вопрос о привлечении к дисциплинарной ответственности лиц, допустивших нарушения.

Кроме того, материалы проверки по факту совершения должностными лицами «Беломорканала» действий, повлекших снижение сборов со швейцарской яхты «Шамад», направлены руководителю санкт-петербургского отдела на транспорте Северо-Западного следственного управления для решения вопроса об уголовном преследовании.